Тезисы:
- Расшифровка видео о проекте генома человека.
- Обсуждение генетического кода русского человека.
- Проект генома человека и его влияние на науку.
- Финансирование проекта и участие разных стран.
- Проблемы и достижения проекта.
- Разнообразие геномов и их использование в судебной практике.
- Влияние древних геномов на современные.
Пересказ видео
В данном видео обсуждаются различные аспекты проекта генома человека, который был начат в 1990 году и официально завершен в 2003 году. Однако, несмотря на официальное завершение, проект продолжал развиваться и совершенствоваться, и в 2022 году была опубликована новая, улучшенная версия генома человека.
Одной из ключевых тем обсуждения является генетический код русского человека, который, по мнению автора, отличается от кодов других национальностей. Также рассматривается вопрос о том, как проект генома человека повлиял на науку и медицину, приведя к значительным открытиям и прогрессу в области генетики и биологии.
Отдельно обсуждается финансирование проекта и участие разных стран. В частности, отмечается, что Россия, несмотря на ограниченное финансирование, смогла внести значительный вклад в проект благодаря использованию зарубежных ресурсов и сотрудничеству с другими странами.
Также затрагиваются проблемы и достижения проекта, включая сложности в сборе и анализе данных, а также разнообразие геномов и их использование в судебной практике. Приводятся примеры, когда использование геномов неандертальцев и денисовцев помогло раскрыть преступления.
В заключение автор подчеркивает важность проекта генома человека для понимания эволюции и разнообразия человечества, а также для развития медицины и науки в целом.
https://t.me/gigachat_bot 1 Перескажи текст тезисно. 2 Перескажи текст подробно
Расшифровка видео
0:43
[музыка] работа Паша ничего не
0:51
работает а вот зарабо
0:57
заработало чит мы Закан семестр Весенний в котором у нас были
1:04
всякие форические лекции заканчиваем феерическое лекции Николая Борисовича вот объявляю вам
1:12
значит у вас будут теперь каникулы до самого октября или сентября но правда
1:20
может быть если что-то летом случится кто-то к нам приедет что-нибудь интерес Я вас тоже позову Ну приме у на чере
1:28
неде про музыку биологии Ну ладно а сегодня вот Николай
1:36
Бори нам разоблачил геном человека Спасибо пред видим
1:44
удовольствие Спасибо я смот собралось достаточно много народа и наверное первое что скажу почему вообще что
1:50
побудило меня сделать доклад примерно на эту тему
2:00
много забавных фраз например генетический код русского человека
2:06
отличен от всех остальных всегда я считал что генетический код – это то чтот триплеты которые кодируют
2:12
аминокислоты Ну вероятно у нас что-то отличное уже 24 года мы слышим что геном
2:19
человека [музыка]
2:27
секвайф сборки генома человека как этим можно пользоваться и можноли И в какой
2:32
степени действительно проект ном человека дал очень и очень много но
2:37
всё-таки Что значат эти фразы Что значит такие громкие интересные выражения и что есть в
2:43
действительности в принципе наверное Народ а нет ну кто-то помнит А кто-то ещё не родился на меня
2:51
произвело большое впечатление Когда в марте 2000 года я вдруг услышал объявление что вот селера наконец
2:57
Северова геном человека был Март 2000 года
3:06
так Ну это конечно имело очень большой резонанс и вот 26 июня была создана
3:13
специальная конференция где были самые ведущие учёный занимающиеся сером генома человека был
3:19
президент Соединённых штат то Билл Клинтон был премьер Великобритании Тони
3:24
бр и они выступали рассказывали какое-то большое достижение сказал что это пожалуй более
3:31
весомая вещь чем изобретение человечеством колеса Ну много было
3:37
сказано Ну и было так скажем тоже сделано такое заявление что проект геном
3:43
человека правда было потом появилась такая такое выражение что это первоначальное секвенирование генома
3:49
человека он завершён но потом оказалось что нет он конечно не весь прочитан
3:54
далеко не весь надо дочитывать народ собирался
4:00
регулярно обсуждал и говорил Дада Вот мы сейчас его Почти совсем прочитали ещ немножко читаем
4:06
совсем понравилось высказывания гельда что стандартный или референсный
4:14
геном человека дорабатывается до сих пор правда это было сказано где-то в д втором году после чего вс-таки было
4:20
сказано ещё раз что вот теперь ВИМ человека совсем все хромосомы от ломе до ломе ВС
4:28
сделано ВС замечательно уже после его зания Он сказал так дорабатывается до
4:33
сих пор финальная точка была очень условная договорились что этот момент этим
4:41
моментом считать точку когда Билл Клинтон сделал заявление своё о том что
4:48
геном Ну да то что геном был сделан до конца люди потом ноли Это
4:57
делота итак вс-таки геном человека почему
5:04
вдруг сказали что он был завершён в двадцать втором году что же произошло в двадцать втором году Ну если оценивали
5:12
что в 2003 году не 2000 2003 его сканировали уже на 85% то вот в двадцать
5:19
втором году успешно было реализовано реализован проект вот
5:25
секвенирования генома всех хромосом от теломеры до теломеры я потом при
5:30
скажу это проек что получилось какие там результаты можно сравнить с последними
5:35
сборками которые были до этого Ну и как можно этим пользоваться Да действительно
5:40
было Так сказано вообще с чего всё начиналось А начиналось Это довольно давно Люди так скажем примерно моего
5:48
возраста те кто постарше кто не сильно моложе Наверно это помнят вот 8
6:02
то есть действительно уже в году собирали нас обсуждали как ВС это
6:08
делать Что делать Какие основные задачи и в принципе в 9е годы когда
6:16
начался международный геном проект генома человека
6:32
жду ранами по хромосомам вот нам дали третью
6:39
тринадцатую девятую хромосому ну почему достались эти Потому что там лидеры Наши
6:44
в биологии некоторые занимались участками которые были особо интересны на третьей хромосоме
6:50
там Ген супре порого
6:56
ито ро РОСИ доста эти геномы эти хромосомы
7:04
вобще удивительно спустя несколько лет попытались оценить В какой стране были наиболее
7:12
эффективно использованы средства выделенные Наро генома человека Вот как
7:18
вы думаете какая страна заняла первое место по эффективности использования своих средств Совершенно верно Россия Почему
7:27
Потому что денег почти не выделялось народ ездил в другие страны там работал и на чужие деньги получал какие-то
7:34
результаты поэтому эффективность использования финансовых ресурсов России было самым
7:39
высоким Ну ладно вс-таки девяностый год формальный запуск проекта Министерством
7:45
энергетики США и национальным институтом здравоохранения то есть размер
7:52
это 3 на скажем было
8:01
на долларов и считали что лет за 15 это нужно было бы сделать но это они так
8:08
считали у народа было впечатление другое Как вы видите участников было
8:15
много В общем почти все кто мог хоть что-то предъявить туда заявились сначала возглавлял
8:22
Национальный центр исследования
8:29
что там были споры о том как можно патентовать Северова последовательности
8:37
Гены здесь были проблемы довольно долго спорили но правда потом бил сказал Нет
8:43
это обще мировое достояние сиквенс геномов и генов генома человека генов
8:51
человека поэтому никах
9:01
тому времени фи которая бык те степени чето ра запатентовать потом сильно
9:09
заработать он в этом смысле пролетел Но это в смысле финансово вообще отношение
9:15
геному человека было Очень своеобразно когда я оказался вовлеченный в эту работу я подумал замечательно вс все мои
9:23
проблемы решены до смер этим заниматься хватит детям Мом занима этой проблемы
9:30
тоже хватит наверное на внуков что-то останется и в принципе вот цитата
9:35
Верхняя которую вы видите на слайде это высказывания как говорят одного молодого человека он смотрел на эту ситуацию так
9:43
я не хочу положить свою жизнь на то чтобы определить последовательность двенадцатой хромосома от тысячного
9:49
основания до двухтысячного основания Ну пара основани Ну всё оказалось не так
9:56
уже в дено в году организовал
10:01
институт геномных исследований некоммерческих кстати уже В девяносто
10:06
пятом был Северова первый живой организм В девяносто восьмом тот же самый НР крейк
10:12
организовал сера genomic целью секвенирования же генома человека Ну а в
10:17
марте как я уже говорил было сделано заявление что геном
10:24
секвенирования конференция вскоре уже в феврале был опубликован первый предварительный драфт
10:31
этого генома правда публиковали его уже совместно селера и консорциум то есть они договорились что это всё будет так
10:38
совместно начали
10:45
секвенирования Серова геном человека человека который может быть не
10:50
очень посвящён в это дело Вт вопрос А какого человека Ну в советские времена
10:56
кто вот опять же помнит было высказывания Да всё ради человека всё
11:02
для человека потом добавлялся Я даже знаю этого человека все понимали что это был за человек Ну вот ну первая вообще
11:10
сборка была на самом деле сделана из материала шести разных людей поэтому так геном был такой сборный Ну вы видите что
11:19
людей которые Чьи первые геномы были секвенирования генома дна была млн
11:28
долларов вообще обол в 350 это не потому что одного геном бы
11:35
лучше другого хуже потому что время шло технологии росли всё стало дешевле и
11:41
дешевле сейчас обещают пороть геном за какой-то сся и Может даже
11:46
меньше так здесь конечно принципиально были разработки новых технологий чем лучше
12:01
и Опя дорого но очень качественно которые
12:07
основные методы перечислены А если так говорить последнее что есть может быть все кто
12:14
потом захочет посмотреть на сайте может посмотреть и какие методы и что они дают самые последние в чём дело какая
12:21
проблема есть
12:29
Эс мен кон чем качествен секвенирование чем длиннее фгм лучше
12:38
сбор Ну ес уче что у нас есть довольно протяжные райо онные повторами то вобще
12:45
вот длин последовательно кото нужно было чтобы нормально собрать Это очевидно
12:52
есть е од пробле Даже если мы берм один персональный геном во
13:00
пло у нас каждо хромосомы а нет на же каж хромосома копии мужчин есть
13:09
отличающиеся тоже по две копии есть и очень высокий то есть последовательности очень
13:16
похожие начинаем собирать а какая последо хсо разобраться достаточно
13:21
сложность это действительно
13:29
вот этой гетерозиготности от ности избавились
13:35
когда стали делать сборку которая потом получила
13:42
название вот до этого была последняя сборка тридцать воя А эта
13:48
сборка очень своеобразная был вообще организован специальный консорциум и
13:55
назывался меме предполагало что позволит собрать все хромосомы от самого своего
14:03
начала до самого конца а начало – это всегда значит короткое плечо конец таку
14:08
плечо по номенклатуре будет так в этот консорциум вошли 54 института из самых
14:14
разных стран в том числе из нашей страны работа была
14:20
закончена было шесть Тей на эту тему в S и вот результат это сборка 3
14:30
млрд 54 мл 815
14:36
472 две пары нуклеотидов – это ядерный геном
14:41
и 16.5 69 пар – это митохондриальная
14:47
ДНК вообще Удивительно но 182 млн нуклеотидов вот из этой
14:55
сборки вообще не было выявлено раньше предыдущих сборках большая цифра или
15:02
небольшая половина что
15:09
5% не ту не удивительно потому что вроде бы сборка была почти полная потому что
15:14
это в основном касалось гетерохроматин районов которые не собирали и смысл Борки которых очень сомнительный потому
15:19
что у всех у нас очень-очень разный каждый район отличается
15:25
ладно Что же это за сборка Что же это так скажем молодежи могу сразу сси
15:31
спросить а Может ли существовать человек живым Может ли быть человек имеющий такой
15:41
геном вот ответ правильный Нет почему вообще что
15:49
секвенирования сделать решили полностью избавиться от тно Как избавиться от
15:55
тезино получить клетки в
16:00
которых её нет как есть такой феномен что когда есть пузырный занос то есть
16:08
зигота оплодотворяется сперматозоидом но идёт не туда куда надо и возникает
16:13
пузырный занос возникает опухоль такая и из этих клеток полностью выбрасываются
16:19
материнские хромосомы Ну понятно что
16:24
см хромосома пох
16:30
парн ле не могут даже культуры вот получили такую культуру которая была
16:39
называлась и поэтому э сборка стала
16:46
называться Да такая вещь была сделана и использовали самые современ
16:59
прочтения пре длинных последовательной проверки всё прочее да сделали но это не
17:06
геном человека это геном вот этой клетки этих клеток насколько он почему так правильно
17:14
было сказано что человек не может жить с таким геномом Ну во-первых это всё-таки плодный вариант если даже клетки были
17:20
диплоидные потому что там плоти зация проходила в большинстве случаев такие диплоидные клетки получались по сути
17:27
дела пло такой во-первых Не совсем понятно
17:33
всё-таки А вдруг были какие-то реорганизации генома в момент формирования этих клеток по большому
17:40
счёту могли отличаться они от исходного генома это раз второе вообще у нас есть
17:47
какие-то летальные мутации Да у всех мы все носители летальных мутаций да а здесь полная
17:55
гомозиготность то есть вообще такой человек с таким геном жить не может ну
18:00
неважно в конце концов ладно это не геном человека это геном вот этих клеток из пузырного заноса Ну всё равно хорошо
18:18
сборка-разборка
18:24
Правда может быть некоторые вещи были не ошибки а просто значит геном был другой
18:30
добавила КСУ почти 200 млн поснова которые содержали
18:36
226 генов паралон ещё 115 генов предположительно
18:43
кодирующих белки то есть вообще-то не слабо Ну да так скажем не было там
18:51
конечно в этой исходно сбор и хромосома и хромосому добавили из другого генома в
18:58
конв хромосома всё равно гомолога не имеет поэтому можно добавить е ничего страшного Давайте сравним
19:06
так тридцать восьмая сборка и сборка тути Вы видите что на
19:15
45% выросла референсная сборка если так скажем были здесь при
19:23
сборке рить во Ну достаточно много 11 мл
19:29
почти с половиной пар оснований которые не были никуда пристрой сборке ВС было поставлено на
19:37
место никаких последовательно которые не нашли место не было никаких гэпов не возникло если Вот
19:46
последняя даже сборка 8 было
19:57
120 основание то есть здесь всё Опять же идеально число контиго То есть если так
20:04
скажем геном сборка тридцать восьмая представляла собой 949 фрагментов
20:13
контиго которые отлично отдельно были да они были поставлены в про суммы бы рядок
20:18
но это всё-таки были контиго то есть здесь Да здесь 24 контиго Почему 24 тига
20:25
23 асоба XY а сумма XY то есть ВС
20:32
замечательно Всё просто идеально Ну размер контиго здесь средний размер хромосома
20:39
получается Всё здорово если Посмотрим по генам Да число генов если считать вот не
20:46
протеин кодирующие гены а все Гены которые для кандидатов Гены наверно более точнее сказать то предыдущая была
20:52
ГТО немножко больше 60 сечас 63 с по практически
20:59
кодирующий белки Гены последней сборки
21:05
1969 таких генов А здесь Было поменьше ну можете посмотреть последующие цифры
21:12
для этой сборки Да намного лучше реф сборка много
21:17
лучше ещё можно сравнить одну вещь вот здесь Сравни тридцать вома и
21:23
сборка ошиб дупликации
21:28
сильно мало здесь ошибок нет да это только по первой хромосоме картинка дискарт каптивы здесь почти их
21:37
нет здесь их вообще как видите много так локализация от того вообще
21:44
откуда во взялась эта последовательность потому что последовательности людей проживающих
21:51
исходно проживающих в разных местах далеко друг от друга в Африке в Америке
21:57
в Азии в Австралии или вообще это какие-нибудь неандертальцы или денисовцы
22:03
они действительно есть если так скажем оценить Мы видим что в этой сборке ой из
22:08
разных источников очень много Ну а здесь наша единственная сборка – это в основном Европейский европейская
22:17
сборка Что ещё Что ещё можно сказать Ну вот красивая
22:24
облака журнала Sci много леб слов по поводу так скажем
22:30
этой сборки человека то что это не совсем сборка генома человека а сборка этой культуры мы уже
22:36
говорили ну и А вообще Как оценивается вот все этот результат Ну действительно
22:42
геном человека дал очень много очень здорово но вот почему-то где-то в
22:47
десятом двенадцатом году в журналах
22:53
газетах уровня
22:58
ци Например я буду читать русский перевод учёные пришли к пониманию что
23:05
один референс геном не годится для решения многих задач ладно То есть реф
23:10
гером сделали А многие задачи так остаются нерешенными следующая цитата Хотя
23:17
использование одной референсной сборки гаплоидного генома значительно
23:23
продвинули нам как надеялись найти при генетических заболеваний этот недостаток
23:29
побудил некоторых учёных назвать проект генома человека провалом Вот и такие
23:34
заявления были ещё одно заявление несмотря на то какой метод секвенирования был выбран
23:41
становится ясно что сообщество должно двигаться за границе опор на один
23:46
референсный геном Да так всё-таки это очень здорово или нет Это очень здорово несомненно то
23:54
есть генома чека дала очень много но вс-таки что за проблема
23:59
а давайте посмотрим что стало известно намного раньше о гено человека насколько он разнообразен
24:05
вот международный проект ещ 2002 год цель катализировать
24:12
индивидуальные генетические особенности людей и публикация вышла в сентябре дего
24:19
года карта вариации генома человека трения
24:29
в среднем оказывалось 279 пар оснований это в дем
24:36
году немножко более поздний проект тысячи
24:41
геномов стартовал в восьмом году завершился в ПМ году публикация
24:47
в в октябре пго реконструированы 25 геномов человека из
24:57
популяций выявлено более 80 млн различий
25:03
вариаций это на 2500 геномов 88 млн вариаций из них 80 Ну почти 85 млн – это
25:13
одно нуклеотидные замены 3,6 млн – это индел то есть делец
25:20
и инсерция структурных вариантов это на 2
25:28
геномов проанализированы собрали все одно нуклеотидные замены на геном положили на
25:35
сборку средне расстояние между этими нуклеотид заменами 30 па
25:43
оснований действительно круто действительно разнообразие сумасшедшее Ну следующий геном что было
25:51
перед этим генов
26:01
к октябрю нук октября было Серова
26:07
8731 геном вообще на самом деле здесь некоторые возникает вопрос качест
26:13
качеству Серова гено про секвенирование есть ошибки в большинстве случаев про
26:19
секвенирование генома используется полимера цепная реакци ВБ
26:28
слегка увеличена за сч того что вообще в сборках есть довольно много ошибок поэтому стал вопрос о том что запирать
26:35
надо качественно Ну вот Один из таких такой качественной очень сборки очень отличной
26:42
работы которая была опубликовано в шестнадцатом году вче
26:49
это проект сисон Di 300 геномов из 142
26:59
сильно отличающихся популяций то есть популяции выбирались из разных географических зон и брались люди
27:05
которые там Жили постоянно 300 персональных геномов 142
27:11
популяции и в принципе было достигнуто новое качество секвенирования то есть
27:17
почти все библиотеки Ну 278 библиотек 300 были приготовлены безп
27:30
в среднем то есть от четного до кратного ну здесь было конечно выявлено
27:37
немножко поменьше отличий по од нуклеотидных замена
27:43
каких-то всего-то 34,5 милна каких-то всего лишь две с
27:51
небольшим мил ВТО геном всего 300 штук было
27:59
сделано и может быть так скажем немножко уменьшили из-за того что качество повысилось так использовали самые разные
28:07
геномы Пардон вот эти результаты этой статьи
28:13
Африка То есть просто геномы выстроили по мере так скажем построили эту с
28:20
функцией Африка свой
28:25
кусон Западная Евразия свой кусок Южная Азия свой кусок Ну и так
28:33
далее Америка свой кусочек Восточная Азия так свой кусок Южная Азия прочее
28:39
прочее то есть действительно у нас довольно чётко народ разделился По
28:45
генома по организации генома на разные вещи То есть если мы допустим для австралийцев
28:51
попытаемся использовать то что собрано изучено разнообразие для Европы это
28:58
вообще невозможно вот Был случай который рассказывал один из юристов которого
29:04
попросили провести анализ в Австралии то есть местного
29:11
агена обвинили который пошёл решил в политику пойти в том что он лет 20 назад кого-то там
29:17
износиловал сделали генетический тест ренка помоли самого обвиняемого
29:29
но судья заколебался и попросил серьёзного человека биолога сделать этот анализ тот посмотрел то разнообразие
29:36
которое есть в Австралии у аборигенов То которое использовали для анализа Европейское
29:42
разнообразие у него получилось что вероятность того что это насильник Ну
29:48
где-то 50% то ли он то ли нет судья подумал
29:53
сказал не вообще так скажем дело закрываю с
30:00
такой надёжностью доказательств вообще разбираться не будем так есть ещё одна
30:09
вещь вообще-то когда стали смотреть что есть
30:14
ещё в геноме Оказалось что в разных генома То есть у кого-то есть у кого-то Нет Есть ещё куски геномов
30:20
неандертальцев Денисов вот здесь на этой картине как раз приведено то есть не
30:29
популяция световая карта показана здесь Здесь есть в Африке вс-таки практически
30:37
нет так скажем от 0 до 3% вроде получилось Денисовский геном
30:45
от 0 до 5% в основном А вот в океане вообще до 5% от денисовского генома
30:52
оказалось ещ эти различия
30:58
Ну да вот даже сборка а там Денисовский геном почти ничего нет
31:04
Чего практически нет потому что ну взяли скажем такой образец А тут 5% Если мы
31:09
будем брать народ из океане зде наверно придётся взглянуть
31:14
как расселялись Да из Африки наши предки выходили
31:23
[музыка]
31:28
миру расселялись так как остатки вс-таки были найдены в
31:33
конце концов был довольно прилично сделан геном нерль то в общем стали выявлять вот эти как раз фрагменты
31:39
генома нерль геноме современного человека в основном это были случайные вещи хотя в принципе были случаи когда
31:48
это попадало под отборы Например у тибетцев есть некоторые Гены которые достались от Денисов правда нерв
31:56
связаные с тем что они живут высокого есть такой есть такой вариант денисовцы тоже гено
32:10
секвенирования пещера К 19 году статья
32:17
из современный человек образцы оказалась
32:31
оказа е ити есть мама Денисовка отец вообще на этой
32:39
выборке на такой поймать гибриды совсем удивительно Хотя вот когда смотрели
32:45
древнюю ДНК там действительно были зоны когда по размерам вот этих фрагментов соответствующих каждому геному
32:58
это есть и здесь очень очень много своеобразных вещей учитывая всё это даже
33:03
Т нарисовали схему как обменивались на каких стадиях куда Какие геномы от наших
33:10
предков Ну и до чего мы добрались действительно мы оказывается достаточно разные даже сейчас хотя мы все хо
33:16
сапиенс считаемся немножко другая история с африканцами почему она другая а
33:24
сложно Клит в Африке тако древнее ДНК разваливается быстро ничего там несешь
33:31
по Древне ДНК но просто когда посмотрели то что африканцев есть
33:36
сказали да но тут явно были какие-то предки Ну не от нашего прямого предка и
33:42
когда значит проанализировали внимательно и проскролить
33:48
из дего тоже года то оказалось что нашли 300
33:55
мил последо которых раньше Не находили А это какой процент па Михайлович от
34:02
общего генома 10% ще на самом деле разнообразие всего
34:09
этого просто потрясает что
34:15
делать вообще Что делать в такой ситуации вот здесь просто если кому-то
34:20
потом интересно может поть эти стаже
34:28
начались обсуждения что делать рассматривать вот эту плодную сборку лесную генома или вообще
34:36
пытаться разобраться с паге А что такое паге это построить такой
34:43
геном который будет содержать вообще все варианты что есть во всех генома
34:49
человека сколько у нас там немножко меньше лно мел
34:58
Ну получается порядка 15 млр гаплоидных геномов надо
35:04
проанализировать и вот всё это дело превратить в паге А вообще геном
35:10
человека большой что делать вообще на самом деле
35:16
есть одна вещь
35:22
вот была разработана международная номенклатура хромосом челове
35:28
м потом когда в номенклатуру стали ВС больше и больше
35:34
вовлекать вещ связанные с методами молекулярными где
35:40
чит районы оценивались по конкретным последователя стали называть шего года
35:45
геномной Вот это последня двадцатого года она
35:59
Но вот как перейти к проблеме всего этого Пан
36:06
генома Да появились стати вот Двадцатый год Ну
36:12
опять Пан геном в человеческую геномную эру что
36:19
делать геном большой поэтому первое что надо делать
36:24
нужно создать соответствующий консорциум так второе геном большой даже большие
36:31
консорциумы не потянут сразу всё поэтому надо какие-то облегчённые варианты придумать придумали например
36:40
нуно не будем мы смотреть весь геном мы будем смотреть только гены нгема
36:47
генетической части которая что-то кодирует Ладно хорошо
36:52
полегче будем смотреть пан транскриптон
36:57
тоже понятно А вообще можно ещё так взять и смотреть Пан геном конкретных
37:05
популяции это ещё лучше да Ну вот и взяли недавно так скажем опубликовали
37:11
запустили они такой проект уже опубликована работа потому что сделали Пан геном для 350
37:22
индивидов ну такие работы ниже чем чи обычно не опускаются и все эти обсуждения идут Так
37:29
так Но всё-таки что реально сделали что опубликовано ну прошлый год как раз в
37:36
мае месяце чуть-чуть больше года вот 11 мая работа вышла Это первый драфт
37:43
человеческого пангео Сколько человек использовали
37:49
Чтобы понге построить вот такой 47
37:55
да 47 сборок правда сделали очень качественно очень аккуратно сделали
38:00
Причём
38:09
фазировки здесь отражены Да сделали сравнили эту полноту сборки со
38:17
сборкой ту то есть конечно полностью она не соб
38:27
данны уже были пригодны для того чтобы сделать этот паге на 94 генома голо
38:34
генома Ну 47 человек как его а да долго сравнивали то
38:40
есть оценивали качество сборок от кого там скажем Какие фрагменты где доставались В общем кому интересно потом
38:46
внимательно посмотрит как потом всё это дело представлять Это
38:53
разное ста
39:00
сбор ста представлять себя е что-то такое слож визуализация сложных
39:06
перестроенный панх локусов круто честно говоря работать не
39:14
совсем понятно И это только то что сделано на 47 человеках генома Ну да
39:32
опубликовали эти результаты поставили их вот так красиво как пользоваться не совсем
39:38
понятно но проблема активно обсуждается опять же кому интересно вот тут
39:43
несколько статей двадцать третьего года можете посмотреть Ну такая ситуация есть ре
39:52
СБО с кобо изменчивость и есть обсуждение что
39:59
надо как-то собрать Пан геном где будет всё правда здесь есть ещё одна проблема
40:06
Ладно соберём и отрази все варианты которые есть Ну вот когда стали смотреть
40:13
разнообразие од нуклеотидные замены попытались привязать к каким-то конкретным признакам почало потом пришли
40:20
к заключению что плохо получается потому что важны не только варианты но и комбинация вариантов
40:27
если здесь мы е перем комбинации
40:33
вариантов де Надеюсь де вот так что действительно очень очень
40:41
непросто как этим можно пользоваться что получается то есть пользоваться по большому счёту приходится только пока
40:46
Реми сборками теми которые есть вот если вы не возражаете я могу
40:57
в ранге стандартного диагностического исследования которое вот мы провели и в общем-то опубликовали пару лет назад
41:04
когда мы разбирались с с верной маркерной хромосомы то есть
41:12
вот была лишняя хромосома небольшая мы её собрали сделали из неё библиотеку по
41:17
гибридизацию показали что да появилась она из определённого района десятой хромосомы примерно оценили её район Ну
41:25
тут невозможно оценить хорошо ну как-то так скажем оценили ВС
41:30
равно затем сделали наши коллеги из Томска сделали
41:36
микре и вот это уже довольно чётко определили какой район входит состав это
41:42
схс марр хромосом просто копий этих было больше чем нужно для диплоидного генома
41:56
Определи е неско вещей по границе проанализировали довольно много наших сотрудников в этом поучаствовала делали
42:04
и рные всякие вещи смотрели и определили достаточно точно Ну с точностью иногда
42:10
вернее Там оба района были примерно с точностью до конкретных там экзонов интронов
42:17
локализовано это всё сделали и
42:22
удивились А удивились чему размер больше 9 млн паро основани То есть это
42:30
дополнительный вариант на 9 с лишним миллионов па основани посмотрели что там
42:36
есть вот сейчас не помню точно но если так скажем не ошибаюсь там где-то 40 с чем-то или 60 с чем-то генов в этом
42:44
районе из них шесть генов изменение копий которых вообще должно приводить
42:52
патология ребёнок ещё маленький но пока никаких патологий слава Богу не заметно
43:00
почему Ну задумались почему вс-таки интересно понять что такое может
43:06
быть да посмотрели центромерный район у него в порядке а
43:13
вот теломер повторов у него нет Почему может кольцо замкнуло но так
43:20
как мы
43:27
видно что локализация На некотором расстоянии а нормаль хромосома локализация этих
43:33
зондов отнесена а маркёр хромосомы они вместе поскольку кольцо
43:39
замкнуло Ну да то есть это не просто Марк хромосом ещ Кольцевая Ладно
43:46
отсекли библиотеку которую мы сделали с помощью
43:53
микросели в были использованы в качестве Марк
43:59
определённых генов нормально то есть границ оказались совпадающими с тем
44:04
которые должны быть всё хорошо а здесь оказались е какие-то пробелы откуда
44:10
могли взяться пробелы кольцо идт митоз разрывы
44:17
Воссоединения может поддаться эти концы это Воссоединения есть получается
44:24
хромосома может Лех потому что в разных клетках валось в разных местах если
44:29
берём всё вместе как вот прид смотрели мы видим весь район если берём индивидуальную хромосому мы видим ещё и
44:37
это то есть вообще всё равно же много всё равно
44:43
много де с лишним миллионов но есть ещё один момент Вы много раз слышали о том
44:49
что компартмент у нас в интерфазном ядре есть А есть ББ там где нет нормальных
44:56
транскрипций центромер и центромерный район тяготеет туда хромосома маркерная маленькая Она
45:04
оказывается по сути дело полностью в этом компарт Судя по всему там подавлена транскрипция поэтому может быть
45:09
транскрипция просто подавлена действительно было показано несколько недавно что свечин маркерные хромосомы у
45:18
которых меньше Х5 млн пар оснований Гена
45:23
там может быть они обычно не влекут за собой КАТО наверное по этой причине А
45:28
здесь ещё вот она реально меньше чем ожидалось когда померили её просто всю
45:33
целиком все варианты которые только есть Ну да вот посмотрели увидели всё
45:39
это все эти зоны пустые Ну это центромерный район поэтому здесь большая
45:45
большая зона А теперь всё-таки мы пытались оценить всё это
45:50
используем референсные сборки что там за Гены как организовано
45:57
Ну стандартная веь прикро используется сборка ВС расчитано
46:04
начение ВС под неё рата А когда Мы собирали
46:10
проверяли результаты секвенирования то мы использовали последнюю три вою и
46:16
возникла у нас мысль А сравним мы ри с де
46:23
сравнили эм зани вы видите Вот такая полоса Зелёная это
46:31
там где всё нормально Где одинаковы в разных сборках нужных положениях стоят нуклеотида так инверсия инверсия
46:40
инверсия инверсия – транспозиции инверсия с транспозиции то есть вот даже на этом
46:46
небольшом относительно участке и то мы видим большое количест СБО
46:56
Вот такая жизнь с референт сборками с геномом человека
47:02
Ну так
47:09
ВИМ не выдержал компьютер этих сумасшедших объёмов Да
47:16
выдержал так это мне Паша помог Спасибо ему то есть тогда что такое понге
47:22
человека это будет просто сумма всех возможных вариантов а комбинации непонятно комбинаторика не ясно как всё
47:29
это пережёвывать использовать и пускать в диагностику для оценки того Каким
47:35
образом формируются наследственные заболевания непонятно есть мозаицизм достаточно солидные различия то есть
47:42
вобще на самом деле всё здорово очень много известно но проблем очень и очень много осталось до сих пор если вот так
47:49
посмотреть когда
47:59
ват Вот это патоген изменение А вот это неген а вот это может быть патогенна
48:06
может быть нет а вот это может быть нет може
48:12
это это уже официально так разделя если есть конкретные исследования в которых
48:18
уже были показаны что такие изменения
48:26
нет ВС под вопросом Да можно посмотреть на наличие генов и прочее прочее но это
48:33
так к вопросу о но не конкретный ответ
48:38
таким образом всё что нам остаётся это занять вот такую позу заняли такую позу и сидим пока в
48:46
ней и думаем Надеемся на наших детей на нашу молодёжь Ну и в конце я скажу что вот
48:56
нали Бут на сайт выставите Да по ну а там есть ещё куча всяких ссылок
49:02
последних работ которые посвящены этой тематики кому интересно те могут это почитать на этом я пожалуй закончу то
49:10
что я хотел вам рассказать поскольку по сути дела Всё я рассказал Если будут вопросы то я на них
49:18
[аплодисменты] отвечу как это знаете как это пиш всё
49:25
сложно да и вс
49:39
плохо Спасибо за лекцию такой простой вопрос во
49:44
многих публикациях в том числе очень популярных любят сравнивать геномы человека и человека ных обезьян
49:57
отличия ну скажем называет человека Ну типа научные данные Как можно это
50:03
объяснить с точки зрение вашей ваших данных мои данные Да ну не ваши данные
50:10
ваши лекции то получается что шимпанзе человека они не отличаются и что почему
50:16
Дело в том что Смотря какие отличия искать если мы смотрим отличия по конкретным генам и всё прочее это одно
50:22
если мы смотрим отличия по расположению и по изменению каких-нибудь повтора и на
50:27
считаем Это будут совсем другие цифры то есть вот то что мы считаем мы получаем
50:33
соответствующие цифры и вот когда вы читаете все эти цифры да Да вы всегда смотрите А какие отличия именно
50:39
смотрелись потому что будут совершенно разные цифры Вам выданы как отличия
50:45
между двумя геномами в зависимости от того какие отличия были учтены не это понятно я Я примерно
50:52
представляю что они что имели в виду эти скажем научные популяризатор а потом есть ещё одна вещь то есть а с
51:00
чем сравнивали Вот я думаю что они сравнивали по солености конкретных генов сравнивали обычно С некоторыми
51:06
референсные сборками нельзя же сравнивать со всеми этим разнообразием по-хорошему надо Ну невозможно ска всему
51:14
если человек вот из секвенирования геномов да то на других видах такого
51:20
объёма здесь скорее всего там один или два ну Нет Почему Бывает и больше Но
51:26
конечно существенно меньше Спасибо так е Нет ну вот у нас если так
51:33
скажем сравнивать африканца допустим с там вот совсем с океани Да где Значит
51:42
до 5% идёт денисовского генома Вот вот
51:49
разница но дело в том что опять это разница от генома А ведь там внутри этих последовательно есть какие-то изменения
51:56
полете будет одинаковых если будете считать там получится разница меньше Смотря как
52:03
считать знаете это самое когда-то был сказал один человек по поводу
52:08
голосования Неважно как голосует важно кто считает так вот здесь не то что
52:14
важно не то кто считает а важно что именно конкретно
52:21
считают Скажите пожалуста сечас вот в криминалистике определяют по ДНК тот не тот человек
52:29
использует несколько определённых каких-то различий Значит есть я понял
52:38
так скажем вот есть некоторая изменчивость характерная для определённых людей потому что здесь когда определяют тот не тот нужно
52:47
определить есть какая комбинация вот этих изменчивых вариантов Нара для СМ
52:53
анализа вот эти Изе Риты рассказал Да если вы эти на стандартные
52:59
изменчивые варианты которые были разработаны для европейцев примените для аборигены из
53:06
Австралии окажется что вы не можете ничего сделать То есть нужно вообще учитывать ту изменчивость в той
53:12
популяции которая есть тут есть опять же проблема Если вдруг вы не знаете с какой
53:18
популяции Этот человек у вас там какие-нибудь материалы непонятные да то вообще какой изменчивость С какой
53:25
изменчивость сравнивать это устанавливает Нет это надо сначала это надо установить и учитывать па
53:30
Михайлович Нет ну это это всё равно Уста вопрос насколько богатые базы данных Да
53:36
насколько Какие базы данных нужно пользоваться разными база даных и нужно так скажем смотреть что конкретно Если
53:42
вы можете установить к кому относится человек это одно если нет то другое Нет ну вот вот выйти в принадлежность
53:50
человек к той или иной популяции вы Установите просто Глядя на базы данных Это не проблема да э особенно если так
53:58
скажем смотреть что все мы сейчас гибриды сильно перекрещенные и тем не менее да Скажите пожалуйста а как
54:07
устанавливается Что например у африканцев столько-то процентов от
54:13
генома неандертальца у у африканцев не было африканцы Не контактировали
54:20
неандертальца ильцы жили только там в европейской евроазия африканцы те которые не выходили из Африки с ними не
54:26
встретились поэтому африканцев просто нет значит А если сравнивать Ну не с
54:32
африканцами с какими-то другими где есть африканские геномы то просто вот есть набор одно нуклеотидных замен которые
54:39
характеризуют которые известно что они есть геноми неандертальца Ну по крайней мере в той референсной сборке которая
54:46
есть и которая отличается от референсных сборок что есть геноми человека и тогда
54:51
вот этот район оценивается как район идущий от Не все такие районы они ну
54:57
высчитываются ну вот вот у меня у меня 224 Гена Отта А У Наримана У Наримана
55:05
по-моему 300 да в том числе у меня от неандерталь достался Ген чихания после
55:12
белого шоколада это мне 23 ми сообщило пач Ваше
55:17
право сказать что у вас там столько-то геномов арталь но я бы не думал что вы
55:23
корректно говорите что У Наримана их другое количество Вот если бы он согласился с вами наверное да А вот
55:29
всё-таки приписывать ему большую долю нидер тальское генома наверное не стоит вдруг он
55:36
обидится а Николай борович Скажите пожалуйста М Вопрос вопрос возможно
55:43
возможно прозвучит так сказать детский Ну Простите эмбриолог Да как делаются
55:48
гаплоидные основания для дальнейшего Ну вот вы говорили что плодный геном используется ещё меня
55:55
волнует Нет вы имели в виду вот этот пузырный занос да да вот Совершенно верно меня волнует пузырный занос то
56:01
есть Неужели моделируется пузырный занос Если да то как когда происходит пузырный
56:06
занос в клетках этого пузырного заноса даче Нет это я знаю А как потом специально что ли получают вот а после
56:12
этого после того после этого происходит плоди зация то есть удваивается число копий Ну но так как материнский хромосом
56:20
уже нет то все хромосомы отцовские То есть все хромосомы ити Войт другой вот э
56:25
клетки вот эти клетки дали опухоль вот Николай вот есть человек и Да вот Стив
56:31
джобсом например там Ну допустим какой-то и ему хотят сделать полный так сказать секн да то что моделируют
56:38
пузырный занос что ли Нет нет что вот вот я с а нет всё понял вопрос значит
56:44
смотрите это называется фазированной
56:49
хромосоме значит Реально это очень большая работа связанная с тем
56:56
перекрывающие районы очень протяженных контиго которые покажут что вот это ВС с одной хромосомы А вот это всё с другой
57:04
хромосомы Какая хромосома отцовская какая материнская Если вы хотите выяснить то надо смотреть отца ещ мать
57:10
но такое фазированный
57:26
это иногда бывает вот Лена Может рассказать наверное про пузырный занос лучше меня иногда когда вот случается
57:32
пузырный занос эти клетки начинает делиться и возникает Ну типа опухоли Вот она тебя про это и спросила откуда
57:40
откуда и у кого это взялось А какого конкретного человека ну честно говоря
57:45
Честно говоря я в тех статьях Где это написано как-то так имени этой женщины с которое это было извлечено не вы всё то
57:52
есть Стив Джобс не при чём отдыхае Стив Джобс Нет причём всё да
57:57
да Николай Борисович у меня такой к вам практический вопрос хотел узнать ваше
58:03
мнение поскольку у нас а вот в России начинается тоже массовое полногеномное
58:11
секвенирование Вам известно Да усилия вот
58:16
этого бикас Константина северинова Да и он даже имеет большой интерес и к нашему
58:23
институту и вот у них программа на 100000 геномов человека Ну вот а Ваше
58:32
мнение поскольку понятно что люди скрещиваются наш мир Ленин это
58:40
изменчивость которую вот прекрасно продемонстрировали она накапливается
58:45
меняется и что делать в этой ситуации а практически работать надо вот
58:53
100в инхо внести ваше
58:58
мнение Ну вообще смотрите Что обычно делают Вот например сейчас обещают аскро
59:05
геном где-то за 1.000 долларов Да даже меньше по-моему уже Ну по крайней мере рекорды там несколько лет назад уже лет
59:11
пять по-моему если не больше были что сканирование генома – это 100.000 не
59:17
1.000 долларов всего поруб Ну 100.000 руб в общем что это
59:25
означает что это означает Да это секвенирование опять же скажем геном человека Что
59:31
означает геном лока который вам дают это берут сиквенс полученные прочтения и
59:37
прикладывают на известную референсную сборку и вот так укладываю на рефере сборку строит ваш геном который там
59:44
где-то по мелочам будет отличаться от этой ре сборки то есть качество вашей
59:55
сборки 49 контиго то есть 949 не Объединённых кусков это в
1:00:03
идеальной по сути дела Ну в лучшей сборке до титу сборки Да даже там
1:00:10
ну какое качество сборки будет Вот при обычных методах
1:00:16
будет а Смотря что вы хотите надо Идо значит могу рассказать
1:00:24
тогда историю надо или не надо мне рассказали медицинской генетики на одной из
1:00:29
конференций значит они провели Была проведена полно геномная
1:00:36
сборка провели какие-то анализы да то есть би информатические исследования
1:00:42
сделали какие-то заключения потом нормальный генетик сказал Да нет ребята вот ошибки и поэтому самом
1:00:52
подни из
1:00:58
они посли на ящик шампанского формати в иследование было проведено как
1:01:05
вы думаете кто стол я шампанского
1:01:12
пра вы пра па Миха ещ одна грустная вещь
1:01:17
реально здесь ещ очень много зависит от квалификаци
1:01:26
ня Потс опять на конференции медицинских генетиков
1:01:32
которые рассказали такую вещь очень квалифицированные би информатики взяли уже
1:01:41
проанализированные секн разных людей Да и провели повторный анализ а потом
1:01:49
сравнили с теми заключениями которые
1:01:56
анализе Да Ух 43% ошибок
1:02:03
существенных поэтому можно всё сделать хорошо но если вы хотите чтобы сделано
1:02:10
было хорошо не знаю я не могу сказать что сделал это сам потому что я сделал это плохо да но надо связаться с людьми
1:02:18
которые действительно очень Хорошие специалисты сделают Это хорошо Николай Борисович Спасибо вам за
1:02:26
вашу лекцию у меня вот вопрос мысли возникла по поводу последнего момента где вот была свечина хромосома
1:02:33
была Вот последни последняя часть про свечи сню хромосому у меня там мысль возникла вы предположили что
1:02:39
транскрипция Возможно не идёт с этой хромосомы нет что-то скажем с этой хромосомой транскрипция Может быть
1:02:46
подавлена потому что она маленькая потому что центромерный район всегда затягивается
1:02:53
ВРБ в котором нет транскрипта
1:02:59
э для в это мее все подавлен вот я хотел сказать что
1:03:07
можно можно проверить скрип или нет Если замены специфичны это
1:03:13
хромосомы кодирую ге знаете здесь ситуация довольно своеобразная
1:03:24
потому в крайней мере или у папы или у мамы есть идентичные последовательности
1:03:30
и поэтому так выявить транскрипт бы по каким-то СН отличается
1:03:36
от с нормальных от одной из нормальных хромосом не получится поэтому здесь
1:03:42
проблема есть сходная Проблема была как-то когда анализировали хромосомы То
1:03:48
есть это дополнительные хромосома Да которые откуда-то возникли и вот там как
1:03:53
раз так как они возникли передавали отличающие от хромосом нормальных и там
1:03:59
как раз было показано что транскрипция с хромосом вс-таки имеет место быть А вот
1:04:04
сделать это на
1:04:12
сверхсветовая в определённых условиях активно транскрибируемая последовательности
1:04:20
ище криве на этих стадиях и там прот транскрипци но Важна ли она для
1:04:26
формирования патогенного фенотипа если она только на определённых статьях вопрос открытый То есть как не грустно
1:04:34
вернее или хорошо Я уж даже не знаю как сказать если много открытых вопросов есть что исследовать есть Да
1:04:41
конечно Николай Борисович Спасибо за лекцию А подскажите пожалуйста а что
1:04:46
известно о фенотипических признаках которые ассоциированы с генами неандертальцев и Денисов то есть Какими
1:04:54
были неандертальцы и денисовцы не стоило есть белый
1:05:00
шоколад ну про шоколад Я не знаю это к па Михайло вопрос это у него там чих
1:05:05
возникает ещ ещё неспособность выкидывать
1:05:10
мусор Это я тоже не знаю значит про нерв
1:05:16
там на самом деле пытаются анализировать Гены пытаются сравнивать их с тем что есть у нас Поэтому в
1:05:22
принципе Вы знаете что там цвет кожи общем так предсказано много таких
1:05:27
параметров Но это в общем-то не так чтобы сильно большие различия пожалуй самая известная такая
1:05:34
Веталь А денисовцы вот в Тибете есть люди которые там живут уже десятки там
1:05:41
тысяч лет высокогорье и у них есть специальные Гены которые
1:05:48
вообще-то
1:05:54
позво давление всё так вот у Денисов в Рей сборке как раз такой Ген и считается
1:06:01
что наверное он достался от них то есть это один из немногих случаев где чётко
1:06:06
показано что была какая-то селекция которая привела закреплению Гена вот пришедшего из другого
1:06:12
вида Спасибо залес Николай Борисович Ну вот то что вы сказали про Пан геном мне
1:06:19
понятно про концепцию Да но попытка его собрать выглядит немного как попытка собрать чудовище Франкенштейна вопрос У
1:06:25
меня немножко в другую сторону скорее про то А есть ли какие-то проекты сегодня которые стремятся объединить вот
1:06:33
данные подробные про геном человека с фенотипически
1:06:39
проявлениями на разных уровнях то есть попытаться собрать какую-то подробную базу конкретных людей Вот как вот эти
1:06:45
100.000 геномов 1000 геномов и так далее с какими-то привязанными к ним фенотипически характеристиками есть
1:06:52
такие работы есть И вот как раз эти вот
1:06:59
ти н изних я вот м показва туру геном
1:07:04
номенклатуру хромосом человека Да и она по сути дела если вы Если у вас есть к
1:07:11
ней доступ сейчас у нас к ней нет доступа к сожалению по крайней мере у меня то там через неё есть прямые выходы
1:07:18
на
1:07:26
чтобы люди которые занимались допустим анализом хромосомных или геномных
1:07:32
патологий сразу могли выходить на базы данных и смотреть каки Какие Какое разнообразие там существует то есть вот
1:07:40
некоторая попытка всё-таки практической реализации информации об этом разнообразии она делается если смотреть
1:07:53
[музыка] может быть связан связаны
1:07:58
конкретные участки генома да С какими признаками Я не знаю честно говоря что
1:08:06
происходит сейчас это наверное лучше у вас у би информатиков спрашивать я помню как было было проведено одно
1:08:12
исследование ему Правда по-моему Лет пять уже когда анализировали там по-моему 100.000 геномов посмотрели и
1:08:21
тщательно люди были описаны и смотрели ассоциации конкретных признаков Да И вот
1:08:27
конкретных участков генома с СН и прочее прочее меня сильно впечатлило такое
1:08:32
заключение что да благодаря вот этому геномного анализу можно допустим
1:08:38
предсказать рост человека но точность предсказания будет примерно такая же
1:08:43
когда Если Вы посмотрите на от и мать Какого они роста точность примерно та же хуже а
1:08:51
хуже Ну может чуть-чуть хуже па ми Я честно говоря уже не помню но не лучше
1:08:56
это точно нет Ну вот на самом деле Саша действительно сейчас есть действительно
1:09:01
много таких баз данных вот Татьяна Осина наша работала сейчас вот с этой самой с
1:09:07
базой данных помоему UK биобанк
1:09:14
а нет ну там не полно естественно там вот эти самые люминос там инские данные
1:09:20
ну они достаточно Саша а что такое полная сборка генома вот я по-моему 40 минут пытался объяснить и показать
1:09:27
что значит полная сборка генома что она из себя представляет Зато там хорошие фенотипы хорошо и профессионально
1:09:33
собранные фенотипы Ну два вопроса один по части
1:09:38
ликбеза честно говоря Ну может не я один такой необразованный А вы употребляете
1:09:44
три термина значит маркерная хромосома
1:09:53
сверхсрочный термин из онно области численная маркерная хромосома человека
1:10:00
это дополнительная к обычному набору хромосом обычно ещ называют Малая свече
1:10:06
маркёр хромосома которая присутствуют в клетках она может присутствовать во всех
1:10:12
клетках это может быть мозаик человек и содержит какое-то количество генетического материала
1:10:25
они возникли из двух плех хромосом они приводят к патологическому фенотипу если
1:10:31
это они возникли изк хромосом там по-моему А нет 7% если вот из
1:10:37
акроцентрические 15 е из двух плех То есть это вот просто такая хромосомная
1:10:42
Перестройка Когда в кариотипе человека возникает дополнительная маленькая
1:10:47
хромосом это значит сверх ма Марк хромосома человека вот что это такое
1:10:54
Мар Нет просто то как вы описали это в точности соответствует определению б
1:10:59
хромосом природе в чем разница Нет есть статья
1:11:04
Которая так и называется являются ли счислений маркёр хромосомы человека б
1:11:10
хромосомами Ну чтобы ответить на этот вопрос нужно знать В чём разница по определению я вот на этот вопрос хотел
1:11:16
бы ответить полу ответ реально Чем отличается б хромосомы обыч да да вот
1:11:22
если смотреть Чем отличается обыч б хромосомы отве марных хромосом человека то вот у
1:11:28
сверхмалых маркерных хромосом человека это вот фрагмент из нормальной хромосома
1:11:33
И в общем-то неизменный то есть вот насколько удаётся выявить б хромосома там обычно начинается
1:11:39
амплификация каких-то последовательной их размер растёт туда происходит
1:11:46
транслокации каких-то или транспозиции каких-то дополнительных последова это немножко другое То есть хромосома старая
1:11:52
а Маря хромосома человека молодая можно то тако и наверняка у любого вида тоже
1:11:58
таких хватает не у любого не у всех видов есть б хромосомы маркёр вот такие
1:12:04
недавно насчёт маркёр хромосом Ну вот я буквально сегодня смотрел одну работу
1:12:09
где было проведе проведён анализ де с чем-то тысяч
1:12:14
человек количество просто каре Отипи анализ смотрели по маркёр хромосомам так
1:12:22
частота оказалась 12 частота встречаемости в других
1:12:28
публикациях примерно говорят что если смотреть новорождённых да то где-то о из
1:12:37
из 500 имеет ссн маркёр хромосому такое же количество ка гималай летяги никто не
1:12:42
исследует геномов как там с марми хромосомами точно также может быть может
1:12:49
быть Единственное что е можно сказать что большая часть СС марр хромосом формируется центри Но из двух плече тоже
1:12:57
формируется Ну я думаю хромосомы тоже когда-то из чего-то подобного сформировались значит для хромосом тоже
1:13:03
показано что больше вероятность формирования б хромосомы из акроцентрические хромосом выше чем из
1:13:09
двух пле второй вопрос он совершенно такой вот
1:13:14
ну вульгарный значит как мы как вы сказали
1:13:19
что чем больше взяли геномов тем меньше расстояние между
1:13:25
позициями Можно ли априорно сказать что если Усть существующее человечество то в
1:13:32
каждой позиции генома может быть любой нуклеотид хотя бы у кого-то хотя бы в
1:13:38
одной копии это конечно от выборки зависит Но просто вс человечество е Ну Понимаете
1:13:45
вот допустим Если мы берём такие допустим в которых вс-таки
1:13:51
изменени геней ри
1:13:57
Тего но он может приводить к патологии Да такая вещь Может быть
1:14:05
поэтому я бы сказал что скорее всего такие последовательность такие участки
1:14:10
генома в которых всегда всё одинаково Ну наверное есть просто геном у нас слишком
1:14:16
большой наверное и такие варианты тоже
1:14:24
есть н вопрос Но почему для получения Ну секвенирования гаплоидного
1:14:31
набора брали клетки опухоли а не например яйцеклетку или
1:14:41
сперматозоиды Да Дада сейчас сечас я объясню Вот смотрите я вам уже говорил
1:14:46
когда когда показывал одну вещь что в принципе качество секвенирования сильно
1:14:52
зависит от того как будет подготовлен материал в подготовке материа
1:15:00
задействуем реакцию то сама порная реакция даст ошибки и вот там где я рассказывал про
1:15:07
вот этот про там как раз почти все геномы секли без
1:15:12
использования если мы возьмём одну клетку одну клетку другие хромосомы да
1:15:25
офици раз не получится с другой стороны мы перейдём на короткие фрагменты
1:15:31
длинных фрагментов для прочтения у нас просто не будет а нормально собрать без чтения длинных
1:15:37
про длинных фрагментов это просто ну невозможно Да поэтому вот брать для
1:15:43
такого качественного секвенирования генома одну клетку Ну просто не возможно
1:15:49
А если брать просто ложную культуру и потом хорошо длинно собирая разделить на раз
1:15:56
значит Ну то что сделать
1:16:07
фазированные делали то есть вот 94 плод генома по сути дела там сделали
1:16:25
большая То есть в принципе собирают хорошо качественно собирают но просто
1:16:31
Если у вас есть большая гетерозигота она везде есть Ну не получается идеально
1:16:38
сделать У меня вопрос значит я е честно говоря везде задаю насчёт этой самой
1:16:44
истории с то ли Тибет то ли Берман которые живут в высоких горах благодаря
1:16:49
Гену Денисов в мире всего два района где на такой высоте проживают постоянное
1:16:55
население это Тибет и Анды Анды можно убрать то есть Тибет уникален отсюда
1:17:01
вопрос А где жил тот самый денисовец из которого этот Ген вытащили если он не
1:17:07
жил в Тибете Нахрена ему нужна была эта мутация не Нет он жил в на Алтае
1:17:14
это сколько на Алтае восьмитысячников дослушайте пожалуйста То есть все
1:17:21
секвенирования Денисов – это Образцы из денисовской пещеры Понятно зачем ему
1:17:26
такой Ген кто его знает плюс ко всему я вам показывал Сколько сборок сейчас
1:17:31
по-моему всего лишь по-моему всего лишь пять образцов Денисов вовлечено было в
1:17:38
секвенирование Поэтому какое там реально было разнообразие может быть это Случайный такой вариант мы
1:17:45
захватили какое было реальное разнообразие неважно Зачем ему было нужно Это вот в очень старых горах
1:17:55
Зачем ему нужен был такой вариант я не знаю Ну тогда Извините то что вы сказали что это единственной установленный
1:18:02
значит считается единственный вариант который хоть как-то напоминает селекцию
1:18:08
он никак не напоминает селекцию потому что селективного фактора нету ВСС нечего
1:18:13
на Тибете есть ребята ребят
1:18:21
ребят на Алта рял глубоко да Так подождите подождите когда мы
1:18:29
го так вот Вот я вас банил регулярно вообще на веки забаню Так значит на
1:18:34
самом деле когда мы говорим про Денисовский Ген да то речь скорее всего
1:18:40
идёт о гаплотип типичном для денисовской группы в этом плоти может быть Вот вот
1:18:47
среди этих платив было найдены мутанты которые дают эту цию гипоксии это Один в
1:18:55
один та самая денисовская по вот эта мутация возникла уже
1:19:02
повидимому позже которая обеспечивает устойчивость гипоксии плати был
1:19:07
Денисовский Так значит строго говоря Если уж совсем строго говорить доказательств строгих
1:19:15
этому нет в этом смысле Вы правы Скажите пожалуста из шего
1:19:23
доклада доклада понятно что проект секвенирования генома человека является уникальным цивилизационном общем
1:19:30
общечеловеческим проектом огромным а его основание тоже вполне Понятно социальная
1:19:36
потребность понятна А если ещё прецеденты подобных проектов
1:19:43
как это называется нах с Да както не на на видах которые в
1:19:50
общем далеки от приматов хотя бы от приматов далеки понятно что это будут не
1:19:55
сопоставимые по мощности проекта но хотя бы прецедент есть иными словами Есть ли ещ
1:20:09
секвенирование в хозяйственно деятельность человека там и прочее то есть Корец крупно-рогатый скод там
1:20:15
конечно качество секвенирования пониже поскольку вложение существенно Ново много
1:20:22
сде об конечно не Сравни м на человеке из диких
1:20:29
видов в принципе есть и дикие виды которые вовлечены в подобные вещи Но для
1:20:36
того чтобы это сделать качественно нужны большие деньги так скажем таких больших денег
1:20:43
нигде нет поэтому сравнимых вещей по-моему нет не очень понятно Зачем
1:20:53
это дву геномов да сказать что больше ничего нет И мы вот
1:20:59
нашли Да мы нашли тех кто вообще по сути дела исчез с лица земли Там два животных
1:21:06
осталось забили их сделали их нгема и сказали всё есть Пан геном этого вида
1:21:11
правда вида больше нет весь был использован для сканирования по поводу вот проектов похожих на геном человека
1:21:18
Вот например даже ЦИК участвовал в сканировании геном пшеницы мы сканировали шестую Б хромосому по-моему
1:21:24
то есть бо проек разделяли хромосомы по разным институтам по разным странам вот он очень похож на человека ВТО
1:21:31
плане пож Хотя всё-таки по сравнению с тем что на геноме человека вки сильно
1:21:37
уступает Хотя геном Серова пшениц там были ещ более сложные вещи
1:21:44
некоторые чем с геномом человека потому что во-первых это
1:21:53
пло геноме пшеницы очень-очень много повторов вот если вы возьмёте бак то
1:21:59
есть бактериальную искусственную хромосому в который клонировать человека пометить её
1:22:06
гибриде она локализована в какой хромосоме Если вы тоже самое сделаете на
1:22:11
пшенице то сигнал будет везде поскольку там такое огромное количество повторов
1:22:17
гибридизация с повторами будет засветится всё то есть Поэтому геном пшеницы там действительно его и геном
1:22:25
пшеницы Это са родственник его недавно сделан был гдето лет 10 назад наверно да
1:22:31
похож Хотя конечно я думаю не сопо и он сильно использовал те вещи которые были
1:22:38
разработаны и сделаны приро генома человека что геном человека он уникален ещ тем что он дал совершенно
1:22:44
фантастическую новую экспериментальную базу то есть новые методы
1:22:54
или просто те технологии которые возникли то есть они тоже очень-очень Важны и нужны так вопросов больше нет теперь
1:23:02
пожалуйста Аплодисменты переходящие в ваци
1:23:08
[аплодисменты] Спасибо
1:23:23
Спасибо а